مسجد پاسارگاد از جمله آثاری است که بعد از دوره هخامنشی و در زمان حکمرانی اتابکان فارس به مجموعه پاسارگاد اضافه شد. این مسجد به دستور اتابک سعد زنگی در اطراف مزار کوروش ساخته شد. بنای مسجد پاسارگاد از کهن ترین مساجد ایران بوده که متاسفانه در زمان جشن های دو هزار و پانصد ساله از بین رفت. در آن زمان برای مرمت آثار به جا مانده از مسجد و دروازه آن، موسسه ایزومئو به رهبری اوجینو گالدیری ستون های سنگی آن را به محل دیگری برد که این برخلاف آن چیزی بود که در منشور ونیز برای مرمت آثار باستانی نوشته شده بود. در طرح هایی که باستان شناس آلمانی، ارنست هرتسفلد مجموعه پاسارگاد تهیه کرده، محل مسجد را در در اطراف مقبره کوروش نشان می دهد. در ضلع سمت راست مزار نیز محرابی ساخته شده که آیاتی از سوره فتح و اسما جلاله بر روی ان نقش بسته است.